21 Nisan 1500 yılında Portekizli bir gemici olan Pedro Alveras Cabral, Hindistan'a gidiyorum zannıyla Güney Amerika'ya ayak bastı ve ülkeyi Portekiz kralı adına zaptettiğini ilan etti. 1530 yıllarında Martin Alfonso de Sousa liderliğindeki bir keşif gezisi esnasında, stratejik noktalar olan yerlere, Rio de Janerio ile bir yıl sonra da bugünkü Santos şehrinin banliyosü olan Sao Vicente şehirlerini kurdular.

 (Eski adı Bahia olan Salvador 1549'da kuruldu ve 1763'e kadar Brezilya'nın başkenti oldu.)

Piratiningo şehri de 1532 yılında Sao Vicente yakınlarında yüksek bir bölgede kuruldu. Portekizlilerin İspanya hâkimiyetine girdiği 1580'den 1640 tarihine kadar Brezilya bir İspanya sömürgesi oldu. 1640'ta Portekizliler Brezilya'yı tekrar ele geçirdiler. Hükumet merkezi 1763'te Salvador'dan Rio de Janeiro'ya taşındı. Zira burası coğrafi ve stratejik bakımdan merkez olmaya daha uygundu.

1698 yılında Sao Paulo'da bol miktarda altın bulundu. Daha sonra iç kesimlere Amazon havzasına yapılan keşif gezileri sonucu altından başka madenler de bulundu. Bölgede çeşitli feodal gruplar ortaya çıktıysa da fazla yaşamayıp yeniden birlik sağlandı.

1572 yılında Brezilya'yı yönetim bakımından Salvador ve Rio de Janerio'dan ibaret olmak üzere ikiye ayıran sistem, 17. yüzyıl çeyreğine kadar devam etti. 16 ile 17. yüzyılda İspanyollar, İngilizler, Fransızlar ve Almanlar zaman zaman bu bölgeyi ele geçirmek istedilerse de muvaffak olamadılar. 1807'de Portekiz'in Napolyon Bonapart tarafından işgal edilmesi üzerine kral ailesi ve devletin bazı ileri gelenleri Brezilya'ya kaçtılar ve ertesi sene hükumet merkezini Rio de Janerio'da kurdular.